Οι ατρησίες του λεπτού εντέρου οφείλονται σε κάποιο αγγειακό επεισόδιο (διακοπή της παροχής αίματος σε κάποιο τμήμα του εντέρου), που συνέβη ενδομητρίως, όπως απέδειξαν οι Louw και Barnard το 1955. Εμφανίζονται με την ίδια συχνότητα σε όλο το μήκος του λεπτού εντέρου, από το δωδεκαδάκτυλο μέχρι την ειλεοτυφλική βαλβίδα. Οι ατρησίες του παχέος εντέρου είναι σπάνιες. Το τμήμα του εντέρου πριν από την ατρησία διατείνεται, ενώ το μετά την ατρησία, επειδή δεν χρησιμοποιείται, έχει διάμετρο μικρότερη του φυσιολογικού. Η διάγνωση πιθανολογείται ήδη από το ιστορικό της κύησης (πολυυδράμνιο, το οποίο είναι τόσο μεγαλύτερο, όσο υψηλότερα είναι η ατρησία). Μετά τον τοκετό εκδηλώνεται με χολώδεις εμέτους, μετεωρισμό της κοιλιάς και έλλειψη κενώσεων του εντέρου. Η απλή ακτινογραφία της κοιλιάς δείχνει διάταση των εντερικών ελίκων με ή χωρίς υδραερικά επίπεδα, ενώ η διάβαση του παχέος εντέρου με σκιαστικό, δείχνει ένα μικρόκολο (μικρό έντερο). Υπάρχουν πέντε τύποι ατρησιών, ανάλογα με το αν είναι απλές ή πολλαπλές, αν συνυπάρχει έλλειμμα στο μεσεντέριο (ιστός μέσα στον οποίο πορεύονται τα αγγεία που τροφοδοτούν το έντερο) και αν υπάρχει διακοπή της συνέχειας του εντέρου. Ο συχνότερος τύπος είναι αυτός με πλήρη διαχωρισμό των δύο άκρων του εντέρου και έλλειμμα δίκην V στο μεσεντέριο. Αρχικά απαιτείται προεγχειρητική σταθεροποίηση, δηλαδή τοποθέτηση ρινογαστρικού καθετήρα για την αποσυμπίεση του ανώτερου πεπτικού, διόρθωση των ηλεκτρολυτικών διαταραχών, χορήγηση αντιβιοτικών και ομαλοποίηση της θερμοκρασίας του σώματος. Ακολουθεί η χειρουργική επέμβαση, κατά την οποία γίνεται εκτομή του άτρητου τμήματος και αναστόμωση του κεντρικού με το περιφερικό τμήμα. Όταν η ατρησία είναι στον ειλεό (περιφερικά), εκτέμνεται το διατεταμένο τμήμα του εντέρου, πριν αναστομωθεί, ενώ όταν η ατρησία είναι στη νήστιδα (αρχικό τμήμα του λεπτού εντέρου) πριν αναστομωθεί το διατεταμένο έντερο, μειώνεται χειρουργικά η διάμετρός του.